A Igreja Católica se fez presente em diferentes setores das estruturas coloniais consolidadas na América espanhola. Um dos principais setores em que a Igreja teve papel relevante no processo de colonização foi em relação:

 

 

• ao processo de evangelização, que promoveu a integração do índio aos padrões europeus e cristãos, favorecendo a sua emancipação.

• à administração colonial, uma vez que o clero ocupou a maior parte dos cargos públicos que exigiam melhor nível de instrução.

• à criação de Dioceses e Paróquias para realização de missas e casamentos entre os espanhois e nativos.

• à educação, monopolizando as instituições de ensino até o século XVIII através das Ordens Religiosas e da criação de Universidades.

• às Missões e Reduções, que facilitavam o fornecimento de mão-de-obra para a encomienda ao reunirem os contingentes indígenas.