A Igreja Católica na América espanhola foi organizada a partir de uma alta hierarquia eclesiástica herdada da metrópole. Dessa organização merece destaque a criação de missões e reduções, cujo papel fundamental era:

• promover a evangelização dos índios e integrá-los no processo de colonização.

• estabelecer um conjunto das ordens e congregações religiosas para seguir as regras de vida cristã.

• exercer violenta censura sobre as atividades intelectuais e perseguir os hereges.

• cuidar de consagrações, de nomeações e do funcionamento judicial da Igreja.

• ser responsável pela obra missionária, pela legislação dentro do sínodo diocesano e pela instrução dos padres nos seminários.