A Igreja Católica na América espanhola foi organizada a partir de uma alta hierarquia eclesiástica herdada da metrópole. Dessa organização merece destaque a criação de missões e reduções, cujo papel fundamental era:

 

• estabelecer um conjunto das ordens e congregações religiosas para seguir as regras de vida cristã.
• exercer violenta censura sobre as atividades intelectuais e perseguir os hereges.
• ser responsável pela obra missionária, pela legislação dentro do sínodo diocesano e pela instrução dos padres nos seminários.
• promover a evangelização dos índios e integrá-los no processo de colonização.
• cuidar de consagrações, de nomeações e do funcionamento judicial da Igreja.