A Igreja Católica se fez presente em diferentes setores das estruturas coloniais consolidadas na América espanhola. Um dos principais setores em que a Igreja teve papel relevante no processo de colonização foi:

• a criação de Dioceses e Paróquias para realização de missas e casamentos entre os espanhois e nativos.
• o processo de evangelização que, promovendo a integração do índio aos padrões europeus e cristãos, favoreceu a sua emancipação.
• as Missões e Reduções, que facilitavam o fornecimento de mão-de-obra para a encomienda ao reunirem os contingentes indígenas.
• a administração colonial, uma vez que o clero ocupou a maior parte dos cargos públicos que exigiam melhor nível de instrução.
• a Educação, através das Ordens Religiosas e da criação de Universidades, a Igreja monopolizou as instituições de ensino até o século XVIII.