As classificações mais primitivas das bactérias eram baseadas na morfologia: o exame microscópico constituía o único de que se dispunha para reunir as bactérias em grupos tomando como base a forma individual e o tipo de agrupamento. Bem cedo verificou-se a impossibilidade de evitar erros utilizando apenas um critério de classificação e, desta forma, outros critérios foram adicionados ao inicial como, por exemplo, as características das culturas, reações bioquímicas, patogenicidade ou capacidade de causar doenças.

Para exemplificar a importância desses micro-organismos, já foi constatado em pesquisas científicas que no ser humano (adulto) saudável existe cerca de 100 bilhões de bactérias, somente em seu sistema digestório. Portanto, esse número de bactérias pode ser escrito como:

• 10¹¹

• 10^-13

• 10^-12

• 10¹²

• 10^-11